Le Jura viticole jouit d’au moins 2 000 ans d’existence. Importateur au départ de ses propres vins, l’occupant romain y décela vite des prédispositions vitivinicoles. Tombée dans l’escarcelle romaine en 58 avant J.-C., la Séquanie (ancien nom de la Franche-Comté) vit cette vocation affirmée sous l’impulsion des empereurs Auguste et Probus (232-282 après J.-C.). Le Jura cessa d’importer desvins italiens vers 25 avant J.-C. et exporta les siens. Les nombreux gisements salifères, comme à Salins-les-Bains et à Lons-le-Saunier, aidèrent également au développement du vignoble jurassien, notamment grâce aux voies de sel qui permettaient le transport du vin en direction de la Suisse et bien au-delà en Allemagne, en Belgique et en Hollande. Les Romains neutralisés à leur tour, le haut Moyen Âge (du ve au xie siècle) sera une période de troubles continuels, à commencer par l’invasion des Alamans, peuple germanique. Les Burgondes, venus s’installer, perpétueront la viticulture mais celle-ci devra son véritable essor à l’Église chrétienne à partir du ve siècle. Les saints Romain et Lupicin sont fréquemment cités par les historiens comme les premiers défricheurs des forêts profondes jurassiennes (région de Saint-Claude). Tandis que la Franche-Comté était annexée à la Bourgogne à la fin du ixe siècle, les abbayes de Beaumes-les-Messieurs et surtout de Château-Chalon voyaient le jour. L’intérêt des comtes de Bourgogne pour la Vigne du Revermont, notamment en leur baronnie d’Arlay, sera néanmoins sans commune mesure avec le développement imprimé par deux monastères de l’ordre des chartreux : Vaucluse et Bonlieu fondés à la fin du xie siècle. L’influence de l’Église sur le vignoble persistera jusqu’à la Révolution. Caprices climatiques (gelées, sécheresses), guerres, épidémies, contrefaçons… jusqu’au xixe siècle le Jura sera sans cesse chahuté. Les vins du Jura disposaient cependant d’une cote d’amour sans pareille auprès des grands de la cour (Philippe le Bel, Henri IV, François Ier, Napoléon) et artistes (Rabelais, Jean-Jacques Rousseau).

